30:T81e,// Cf. https://observablehq.com/@fil/sort-stuff-by-similarity function order_by_distance(nodes, distance) { const n = nodes.length; const segments = []; const m = new Map(); if (distance === undefined) distance = euclidian; function D(i, j) { return B[i][j]; } const links = d3 .cross(d3.range(n), d3.range(n)) .map(d => [d[0], d[1], D(d[0], d[1])]) // distance(t[d[0]], t[d[1]])]) .sort((a, b) => d3.ascending(a[2], b[2])); for (const l of links) { if (l[0] === l[1]) continue; // same node const s0 = m.get(l[0]), s1 = m.get(l[1]); if (s0 && s0 === s1) continue; // already linked if (s0 && !s1) { const s = s0, a = l[1]; m.set(a, s); if (D(a, s[0]) < D(a, s[s.length - 1])) { s.unshift(a); } else { s.push(a); } } else if (s1 && !s0) { const s = s1, a = l[0]; m.set(a, s); if (D(a, s[0]) < D(a, s[s.length - 1])) { s.unshift(a); } else { s.push(a); } } else if (!s0 && !s1) { const s = [l[0], l[1]]; m.set(l[0], s); m.set(l[1], s); } else { // join the two segments by the shortest link between their extremities const d00 = D(s0[0], s1[0]), d01 = D(s0[0], s1[s1.length - 1]), d10 = D(s0[s0.length - 1], s1[0]), d11 = D(s0[s0.length - 1], s1[s1.length - 1]), k = d3.scan([d00, d01, d10, d11]); var s; if (k === 0) s = [...s1.reverse(), ...s0]; if (k === 1) s = [...s1, ...s0]; if (k === 2) s = [...s0, ...s1]; if (k === 3) s = [...s0, ...s1.reverse()]; for (const a of s) m.set(a, s); segments.push(s); } } nodes = m.get(0).map(i => nodes[i]); // naive optimization /* const size = 4; for (var t = 4; t-- > 0; ) for (var i = 0; i < nodes.length - size; i++) { if (D(i, i + 2) + D(i + 1, i + 3) < D(i, i + 1) + D(i + 2, i + 3)) { const t = nodes[i + 1]; nodes[i + 1] = nodes[i + 2]; nodes[i + 2] = t; } } */ return nodes; }31:Tae4,function chart(nodes, accessor) { const height = width; var w = width - margin.left - margin.right; var h = width - margin.top - margin.bottom; const ids = nodes.map(d => d.id), matrix = ids.map(source => ids.map(target => ({ source, target, val: accessor({ source, target }) })) ); function colored(d) { const val = d.val; if (val === "UNAVAILABLE") return "lime"; if (val === "NA") return "#ccc"; if (d.source == d.target) return "#333"; if (+val > 0) return color(+val); return "white"; } var x = d3 .scaleBand() .rangeRound([0, w]) .paddingInner(0.1) .align(0) .domain(ids); var svgDOM = d3 .select(DOM.svg(width, height)) .attr("class", "matrixdiagram") .attr("width", w + margin.left + margin.right) .attr("height", h + margin.top + margin.bottom); svgDOM.append("defs").html(css); var svg = svgDOM.append("g"); var row = svg .selectAll("g.row") .data(matrix) .enter() .append("g") .attr("class", "row") .attr("transform", d => `translate(0,${x(d[0].source)})`) .each(makeRow); row .append("text") .attr("class", "label") .attr("x", -4) .attr("y", x.bandwidth() / 2) .attr("dy", "0.32em") .text(d => d[0].source); var column = svg .selectAll("g.column") .data(matrix) .enter() .append("text") .attr("class", "column label") .attr("transform", d => `translate(${x(d[0].source)},0)rotate(-90)`) .attr("x", 4) .attr("y", x.bandwidth() / 2) .attr("dy", "0.32em") .text(d => d[0].source); function makeRow(rowData) { var cell = d3 .select(this) .selectAll("rect") .data(rowData) .enter() .append("rect") .attr("x", d => x(d.target)) .attr("width", x.bandwidth()) .attr("height", x.bandwidth()) .style("fill-opacity", 1) .style("fill", colored) .on("mouseover", d => { row .filter(e => e[0].source === d.source) .style("fill", "#d62333") .style("font-weight", "bold"); column .filter(e => e[0].source === d.target) .style("fill", "#d62333") .style("font-weight", "bold"); }) .on("mouseout", () => { row.style("fill", null).style("font-weight", null); column.style("fill", null).style("font-weight", null); }); cell .append("title") .text(d => d.source === d.target ? d.source : `${d.source} ↔︎ ${d.target} (${d.val})` ); } const zoom = d3 .zoom() .on("zoom", ({ transform }) => svg.attr("transform", transform)); return svgDOM .call(zoom) .call(zoom.transform, d3.zoomIdentity.translate(margin.left, margin.top)) .node(); }32:T6e71,test_ha = ({ matrix: ` 1eo8 1ken 1qfu 3fku 3gbm 3lzf 3sdy 3whe 3ztj 4f15 4fp8 4fqj 4fqk 4fqv 4gms 4gxu 4hf5 4hfu 4hg4 4hkx 4hlz 4kvn 4lvh 4m5z 4mhh 4nm8 4o5i 4py8 4r8w 4xnm 4yjz 4yk4 5a3i 5dum 5dup 5dur 5gjt 5ibl 5jw4 5k9k 5k9o 5k9q 5kan 5kaq 5ug0 5ugy 5uk2 5umn 5v2a 5vag 5w08 5w0d 5w6g 5wko 5xhv 5xku 5y2l 6a0z 6a67 6d0u 6e3h 6fyt 6fyu 6fyw 6hjp 6ii4 6ii8 6ii9 6iut 6iuv 1eo8 1 0 0.555555555555556 0 0 0 0 0.285714285714286 0 0 0 0.666666666666667 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.222222222222222 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1ken 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0.666666666666667 0 0 0 0.5 0 0.666666666666667 0.75 0.25 0.416666666666667 0 0 0 0.583333333333333 0 0 0.5 0 0 0.5 0.75 0.416666666666667 0 0 0.583333333333333 0 0 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0 0.833333333333333 0.583333333333333 0.666666666666667 0.583333333333333 0 0 0.666666666666667 0.666666666666667 0 0 0 0.833333333333333 0 0.583333333333333 0.416666666666667 0.583333333333333 0 0 0 0 0 0.25 0.583333333333333 0.416666666666667 0 0 1qfu 0.555555555555556 0 1 0 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0.666666666666667 0.555555555555556 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.333333333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3fku 0 0 0 1 0.941176470588235 0 0.153846153846154 0 0.928571428571429 0 0 0 0 0.888888888888889 0 0 0 0 0 0 0.933333333333333 0.733333333333333 0 0 0 0.125 0 0.842105263157895 0.928571428571429 0 0 0 0 0 0 0 0.769230769230769 0 0.785714285714286 0.75 0.714285714285714 0.857142857142857 1 0.9375 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.823529411764706 0 0 0.842105263157895 0 0 0 0.789473684210526 0.882352941176471 0.857142857142857 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 3gbm 0 0 0 0.941176470588235 1 0 0 0 0.785714285714286 0 0 0 0 0.823529411764706 0 0 0 0 0 0 0.933333333333333 0.6 0 0 0 0 0 0.882352941176471 0.857142857142857 0 0 0 0 0 0 0 0.615384615384615 0 0.642857142857143 0.625 0.571428571428571 0.571428571428571 0.923076923076923 0.8125 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.705882352941177 0 0 0.823529411764706 0 0 0 0.941176470588235 0.823529411764706 0.785714285714286 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 3lzf 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0.285714285714286 0 0.142857142857143 0.142857142857143 0.142857142857143 0.142857142857143 0 0 0 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.142857142857143 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.142857142857143 0.142857142857143 0.142857142857143 0.142857142857143 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0 0 0.142857142857143 0.142857142857143 0.142857142857143 0 0 0 0 0 0.428571428571429 0 0 0.285714285714286 0 3sdy 0 0 0 0.153846153846154 0 0 1 0 0.153846153846154 0 0 0 0 0.153846153846154 0 0 0 0 0 0 0 0.230769230769231 0 0 0 0.875 0 0 0.0769230769230769 0 0 0 0 0 0 0 0.307692307692308 0 0.230769230769231 0.307692307692308 0.142857142857143 0.285714285714286 0.0769230769230769 0.153846153846154 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.153846153846154 0 0 0.153846153846154 0 0 0 0 0.0769230769230769 0.0769230769230769 0 0.2 0 0 0 0 0 3whe 0.285714285714286 0 0.142857142857143 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0.714285714285714 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3ztj 0 0 0 0.928571428571429 0.785714285714286 0 0.153846153846154 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0.857142857142857 0.785714285714286 0 0 0 0.125 0 0.785714285714286 0.857142857142857 0 0 0 0 0 0 0 0.615384615384615 0 0.642857142857143 0.714285714285714 0.714285714285714 1 0.846153846153846 0.857142857142857 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.857142857142857 0 0 1 0 0 0 0.857142857142857 0.785714285714286 0.642857142857143 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 4f15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.833333333333333 0.833333333333333 4fp8 0 0.666666666666667 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 1 0 0 0 0.842105263157895 0 0.842105263157895 0.789473684210526 0.846153846153846 0.866666666666667 0 0 0 0.933333333333333 0 0 0.894736842105263 0 0 0.923076923076923 0.894736842105263 0.666666666666667 0 0 0.866666666666667 0 0 0.705882352941177 0 0 0 0 0 0 0.789473684210526 0.9375 0.842105263157895 1 0.857142857142857 0 0.947368421052632 0.947368421052632 0 0 0 0.684210526315789 0 0.823529411764706 0.882352941176471 0.947368421052632 0 0 0 0 0 0.75 0.733333333333333 0.866666666666667 0 0 4fqj 0.666666666666667 0 0.666666666666667 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4fqk 0.666666666666667 0 0.555555555555556 0 0 0 0 0.714285714285714 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4fqv 0 0 0 0.888888888888889 0.823529411764706 0 0.153846153846154 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0.8 0 0 0 0.125 0 0.777777777777778 1 0 0 0 0 0 0 0 0.692307692307692 0 0.714285714285714 0.6875 0.714285714285714 1 1 0.875 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.882352941176471 0 0 0.944444444444444 0 0 0 0.777777777777778 0.764705882352941 0.857142857142857 0.333333333333333 0 0 0 0 0 0 4gms 0 0.5 0 0 0 0.285714285714286 0 0 0 0 0.842105263157895 0 0 0 1 0 0.789473684210526 0.736842105263158 0.923076923076923 0.866666666666667 0 0 0 0.866666666666667 0 0 0.789473684210526 0 0 0.769230769230769 0.736842105263158 0.777777777777778 0 0 0.733333333333333 0 0 0.647058823529412 0 0 0 0 0 0 0.631578947368421 0.875 0.736842105263158 0.888888888888889 1 0 0.842105263157895 0.789473684210526 0 0 0 0.578947368421053 0 0.823529411764706 0.882352941176471 0.842105263157895 0 0 0 0 0 0.6875 0.666666666666667 0.733333333333333 0 0 4gxu 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 4hf5 0 0.666666666666667 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.842105263157895 0 0 0 0.789473684210526 0 1 0.85 0.923076923076923 1 0 0 0 1 0 0 0.75 0 0 0.769230769230769 0.7 0.777777777777778 0 0 0.8 0 0 0.764705882352941 0 0 0 0 0 0 0.7 0.9375 0.7 0.833333333333333 1 0 0.8 0.789473684210526 0 0 0 0.6 0 0.941176470588235 0.941176470588235 0.8 0 0 0 0 0 0.6875 0.733333333333333 0.8 0 0 4hfu 0 0.75 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.789473684210526 0 0 0 0.736842105263158 0 0.85 1 0.846153846153846 0.866666666666667 0 0 0 0.933333333333333 0 0 0.65 0 0 0.692307692307692 0.714285714285714 0.666666666666667 0 0 0.733333333333333 0 0 0.705882352941177 0 0 0 0 0 0 0.714285714285714 0.8125 0.714285714285714 0.777777777777778 1 0 0.714285714285714 0.736842105263158 0 0 0 0.666666666666667 0 0.882352941176471 0.823529411764706 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0.5625 0.666666666666667 0.733333333333333 0 0 4hg4 0 0.25 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.846153846153846 0 0 0 0.923076923076923 0 0.923076923076923 0.846153846153846 1 0.846153846153846 0 0 0 0.769230769230769 0 0 0.846153846153846 0 0 0.461538461538462 0.692307692307692 0.769230769230769 0 0 0.615384615384615 0 0 0.692307692307692 0 0 0 0 0 0 0.692307692307692 0.769230769230769 0.769230769230769 0.846153846153846 1 0 0.923076923076923 0.769230769230769 0 0 0 0.538461538461538 0 0.846153846153846 0.923076923076923 0.923076923076923 0 0 0 0 0 0.846153846153846 0.538461538461538 0.692307692307692 0 0 4hkx 0 0.416666666666667 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.866666666666667 0 0 0 0.866666666666667 0 1 0.866666666666667 0.846153846153846 1 0 0 0 0.8 0 0 0.933333333333333 0 0 0.692307692307692 0.8 0.866666666666667 0 0 0.733333333333333 0 0 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0 0.8 0.933333333333333 0.866666666666667 0.866666666666667 0.857142857142857 0 0.866666666666667 0.8 0 0 0 0.666666666666667 0 1 0.933333333333333 0.866666666666667 0 0 0 0 0 0.666666666666667 0.666666666666667 0.733333333333333 0 0 4hlz 0 0 0 0.933333333333333 0.933333333333333 0 0 0 0.857142857142857 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0.933333333333333 0.928571428571429 0 0 0 0 0 0 0 0.538461538461538 0 0.571428571428571 0.6 0.571428571428571 0.714285714285714 0.923076923076923 0.8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.866666666666667 0 0 1 0 0 0 0.933333333333333 0.8 0.785714285714286 0.25 0 0 0 0 0 0 4kvn 0 0 0 0.733333333333333 0.6 0 0.230769230769231 0 0.785714285714286 0 0 0 0 0.8 0 0 0 0 0 0 0.666666666666667 1 0 0 0 0.25 0 0.6 0.714285714285714 0 0 0 0 0 0 0 0.769230769230769 0 0.642857142857143 0.6 0.571428571428571 0.714285714285714 0.692307692307692 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.666666666666667 0 0 0.8 0 0 0 0.666666666666667 0.666666666666667 0.5 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 4lvh 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.666666666666667 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.875 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0.625 4m5z 0 0.583333333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 0.933333333333333 0 0 0 0.866666666666667 0 1 0.933333333333333 0.769230769230769 0.8 0 0 0 1 0 0 0.866666666666667 0 0 0.769230769230769 0.866666666666667 0.8 0 0 0.8 0 0 0.733333333333333 0 0 0 0 0 0 0.866666666666667 0.866666666666667 0.866666666666667 0.933333333333333 0.714285714285714 0 0.933333333333333 0.933333333333333 0 0 0 0.733333333333333 0 0.866666666666667 0.866666666666667 0.933333333333333 0 0 0 0 0 0.6 0.733333333333333 0.8 0 0 4mhh 0.222222222222222 0 0.333333333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 0.166666666666667 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0.0833333333333333 0 0 0 0 0 0 0 4nm8 0 0 0 0.125 0 0 0.875 0 0.125 0 0 0 0 0.125 0 0 0 0 0 0 0 0.25 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.375 0 0.25 0.375 0 0.142857142857143 0 0.125 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.125 0 0 0.125 0 0 0 0 0 0 0 0.125 0 0 0 0 0 4o5i 0 0.5 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.894736842105263 0 0 0 0.789473684210526 0 0.75 0.65 0.846153846153846 0.933333333333333 0 0 0 0.866666666666667 0 0 1 0 0 0.846153846153846 0.75 0.666666666666667 0 0 0.8 0 0 0.647058823529412 0 0 0 0 0 0 0.7 0.9375 0.8 0.944444444444444 0.857142857142857 0 0.8 0.842105263157895 0 0 0 0.55 0 0.823529411764706 0.882352941176471 0.9 0 0 0 0 0 0.8125 0.666666666666667 0.866666666666667 0 0 4py8 0 0 0 0.842105263157895 0.882352941176471 0 0 0 0.785714285714286 0 0 0 0 0.777777777777778 0 0 0 0 0 0 0.933333333333333 0.6 0 0 0 0 0 1 0.857142857142857 0 0 0 0 0 0 0 0.615384615384615 0 0.642857142857143 0.625 0.571428571428571 0.571428571428571 0.923076923076923 0.8125 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.764705882352941 0 0 0.736842105263158 0 0 0 0.842105263157895 0.764705882352941 0.785714285714286 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 4r8w 0 0 0 0.928571428571429 0.857142857142857 0 0.0769230769230769 0 0.857142857142857 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0.928571428571429 0.714285714285714 0 0 0 0 0 0.857142857142857 1 0 0 0 0 0 0 0 0.538461538461538 0 0.642857142857143 0.642857142857143 0.714285714285714 0.857142857142857 0.846153846153846 0.928571428571429 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.857142857142857 0 0 1 0 0 0 0.928571428571429 0.857142857142857 0.785714285714286 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 4xnm 0 0.5 0 0 0 0 0 0 0 0 0.923076923076923 0 0 0 0.769230769230769 0 0.769230769230769 0.692307692307692 0.461538461538462 0.692307692307692 0 0 0 0.769230769230769 0 0 0.846153846153846 0 0 1 1 0.692307692307692 0 0 0.846153846153846 0 0 0.615384615384615 0 0 0 0 0 0 0.846153846153846 0.846153846153846 0.923076923076923 0.923076923076923 0.285714285714286 0 0.846153846153846 0.923076923076923 0 0 0 0.846153846153846 0 0.769230769230769 0.769230769230769 0.923076923076923 0 0 0 0 0 0.538461538461538 0.846153846153846 0.769230769230769 0 0 4yjz 0 0.75 0 0 0 0 0 0 0 0 0.894736842105263 0 0 0 0.736842105263158 0 0.7 0.714285714285714 0.692307692307692 0.8 0 0 0 0.866666666666667 0 0 0.75 0 0 1 1 0.722222222222222 0 0 0.933333333333333 0 0 0.823529411764706 0 0 0 0 0 0 0.727272727272727 0.875 0.75 0.888888888888889 0.571428571428571 0 0.857142857142857 0.947368421052632 0 0 0 0.818181818181818 0 0.764705882352941 0.764705882352941 0.761904761904762 0 0 0 0 0 0.625 1 0.866666666666667 0 0 4yk4 0 0.416666666666667 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.666666666666667 0 0 0 0.777777777777778 0 0.777777777777778 0.666666666666667 0.769230769230769 0.866666666666667 0 0 0 0.8 0 0 0.666666666666667 0 0 0.692307692307692 0.722222222222222 1 0 0 0.733333333333333 0 0 0.529411764705882 0 0 0 0 0 0 0.666666666666667 0.75 0.666666666666667 0.666666666666667 0.714285714285714 0 0.666666666666667 0.666666666666667 0 0 0 0.555555555555556 0 0.764705882352941 0.705882352941177 0.722222222222222 0 0 0 0 0 0.5 0.733333333333333 0.8 0 0 5a3i 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0.142857142857143 0 0.571428571428571 0 0 0 0 0 0 0 0 0.285714285714286 0 0.285714285714286 0 0 0 0 0 0.142857142857143 0 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.142857142857143 5dum 0 0 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0.875 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.142857142857143 1 0 0.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.846153846153846 0.8 5dup 0 0.583333333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 0.866666666666667 0 0 0 0.733333333333333 0 0.8 0.733333333333333 0.615384615384615 0.733333333333333 0 0 0 0.8 0 0 0.8 0 0 0.846153846153846 0.933333333333333 0.733333333333333 0 0 1 0 0 0.6 0 0 0 0 0 0 1 0.8 1 0.866666666666667 0.428571428571429 0 0.8 0.866666666666667 0 0 0.333333333333333 0.8 0 0.8 0.8 0.866666666666667 0 0 0 0 0 0.6 0.8 0.866666666666667 0 0 5dur 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1 0 0 0 0 0 0 0 0.571428571428571 0.1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1 5gjt 0 0 0 0.769230769230769 0.615384615384615 0 0.307692307692308 0 0.615384615384615 0 0 0 0 0.692307692307692 0 0 0 0 0 0 0.538461538461538 0.769230769230769 0 0 0 0.375 0 0.615384615384615 0.538461538461538 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0.846153846153846 0.846153846153846 0.428571428571429 0.285714285714286 0.538461538461538 0.692307692307692 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.538461538461538 0 0 0.692307692307692 0 0 0 0.692307692307692 0.769230769230769 0.384615384615385 0 0 0 0 0 0 0 5ibl 0 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0.705882352941177 0 0 0 0.647058823529412 0 0.764705882352941 0.705882352941177 0.692307692307692 0.666666666666667 0 0 0 0.733333333333333 0 0 0.647058823529412 0 0 0.615384615384615 0.823529411764706 0.529411764705882 0 0 0.6 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0.705882352941177 0.75 0.588235294117647 0.647058823529412 0.571428571428571 0 0.823529411764706 0.764705882352941 0 0 0 0.705882352941177 0 0.705882352941177 0.647058823529412 0.647058823529412 0 0 0 0 0 0.5625 0.533333333333333 0.533333333333333 0 0 5jw4 0 0 0 0.785714285714286 0.642857142857143 0 0.230769230769231 0 0.642857142857143 0 0 0 0 0.714285714285714 0 0 0 0 0 0 0.571428571428571 0.642857142857143 0 0 0 0.25 0 0.642857142857143 0.642857142857143 0 0 0 0 0 0 0 0.846153846153846 0 1 0.857142857142857 0.714285714285714 0.571428571428571 0.615384615384615 0.785714285714286 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.571428571428571 0 0 0.714285714285714 0 0 0 0.714285714285714 0.857142857142857 0.5 0 0 0 0 0 0 0 5k9k 0 0 0 0.75 0.625 0 0.307692307692308 0 0.714285714285714 0 0 0 0 0.6875 0 0 0 0 0 0 0.6 0.6 0 0 0 0.375 0 0.625 0.642857142857143 0 0 0 0 0 0 0 0.846153846153846 0 0.857142857142857 1 0.857142857142857 0.571428571428571 0.615384615384615 0.6875 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.5625 0 0 0.6875 0 0 0 0.6875 0.8125 0.5 0 0 0 0 0 0 0 5k9o 0 0 0 0.714285714285714 0.571428571428571 0 0.142857142857143 0 0.714285714285714 0 0 0 0 0.714285714285714 0 0 0 0 0 0 0.571428571428571 0.571428571428571 0 0 0 0 0 0.571428571428571 0.714285714285714 0 0 0 0 0 0 0 0.428571428571429 0 0.714285714285714 0.857142857142857 1 0.428571428571429 0.714285714285714 0.714285714285714 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.571428571428571 0 0 0.714285714285714 0 0 0 0.571428571428571 0.857142857142857 0.571428571428571 0 0 0 0 0 0 0 5k9q 0 0 0 0.857142857142857 0.571428571428571 0 0.285714285714286 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0.714285714285714 0.714285714285714 0 0 0 0.142857142857143 0 0.571428571428571 0.857142857142857 0 0 0 0 0 0 0 0.285714285714286 0 0.571428571428571 0.571428571428571 0.428571428571429 1 0.714285714285714 0.857142857142857 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0.714285714285714 0.571428571428571 0.714285714285714 0.285714285714286 0 0 0 0 0 0 5kan 0 0 0 1 0.923076923076923 0 0.0769230769230769 0 0.846153846153846 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0.923076923076923 0.692307692307692 0 0 0 0 0 0.923076923076923 0.846153846153846 0 0 0 0 0 0 0 0.538461538461538 0 0.615384615384615 0.615384615384615 0.714285714285714 0.714285714285714 1 0.846153846153846 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.923076923076923 0 0 1 0 0 0 0.846153846153846 0.846153846153846 0.846153846153846 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 5kaq 0 0 0 0.9375 0.8125 0 0.153846153846154 0 0.857142857142857 0 0 0 0 0.875 0 0 0 0 0 0 0.8 0.666666666666667 0 0 0 0.125 0 0.8125 0.928571428571429 0 0 0 0 0 0 0 0.692307692307692 0 0.785714285714286 0.6875 0.714285714285714 0.857142857142857 0.846153846153846 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0 0 0.875 0 0 0 0.8125 0.8125 0.785714285714286 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 5ug0 0 0.833333333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 0.789473684210526 0 0 0 0.631578947368421 0 0.7 0.714285714285714 0.692307692307692 0.8 0 0 0 0.866666666666667 0 0 0.7 0 0 0.846153846153846 0.727272727272727 0.666666666666667 0.285714285714286 0 1 0 0 0.705882352941177 0 0 0 0 0 0 1 0.8125 0.909090909090909 0.777777777777778 0.571428571428571 0 0.666666666666667 0.789473684210526 0 0 1 0.636363636363636 0 0.823529411764706 0.764705882352941 0.714285714285714 0 0 0 0 0 0.5625 0.8 0.866666666666667 0 0 5ugy 0 0.583333333333333 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.9375 0 0 0 0.875 0 0.9375 0.8125 0.769230769230769 0.933333333333333 0 0 0 0.866666666666667 0 0 0.9375 0 0 0.846153846153846 0.875 0.75 0 0 0.8 0 0 0.75 0 0 0 0 0 0 0.8125 1 0.875 0.9375 0.714285714285714 0 0.9375 0.875 0 0 0 0.75 0 0.9375 0.875 0.9375 0 0 0 0 0 0.625 0.733333333333333 0.733333333333333 0 0 5uk2 0 0.666666666666667 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.842105263157895 0 0 0 0.736842105263158 0 0.7 0.714285714285714 0.769230769230769 0.866666666666667 0 0 0 0.866666666666667 0 0 0.8 0 0 0.923076923076923 0.75 0.666666666666667 0.285714285714286 0 1 0 0 0.588235294117647 0 0 0 0 0 0 0.909090909090909 0.875 1 0.888888888888889 0.714285714285714 0 0.714285714285714 0.789473684210526 0 0 1 0.636363636363636 0 0.823529411764706 0.823529411764706 0.80952380952381 0 0 0 0 0 0.6875 0.866666666666667 0.866666666666667 0 0 5umn 0 0.583333333333333 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 1 0 0 0 0.888888888888889 0 0.833333333333333 0.777777777777778 0.846153846153846 0.866666666666667 0 0 0 0.933333333333333 0 0 0.944444444444444 0 0 0.923076923076923 0.888888888888889 0.666666666666667 0 0 0.866666666666667 0 0 0.647058823529412 0 0 0 0 0 0 0.777777777777778 0.9375 0.888888888888889 1 0.857142857142857 0 0.944444444444444 0.944444444444444 0 0 0 0.666666666666667 0 0.823529411764706 0.882352941176471 1 0 0 0 0 0 0.75 0.733333333333333 0.866666666666667 0 0 5v2a 0 0 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.857142857142857 0 0 0 1 0 1 1 1 0.857142857142857 0 0 0 0.714285714285714 0 0 0.857142857142857 0 0 0.285714285714286 0.571428571428571 0.714285714285714 0 0 0.428571428571429 0 0 0.571428571428571 0 0 0 0 0 0 0.571428571428571 0.714285714285714 0.714285714285714 0.857142857142857 1 0 0.857142857142857 0.714285714285714 0 0 0 0.285714285714286 0 0.857142857142857 1 0.857142857142857 0 0 0 0 0 0.714285714285714 0.285714285714286 0.571428571428571 0 0 5vag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5w08 0 0.666666666666667 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.947368421052632 0 0 0 0.842105263157895 0 0.8 0.714285714285714 0.923076923076923 0.866666666666667 0 0 0 0.933333333333333 0 0 0.8 0 0 0.846153846153846 0.857142857142857 0.666666666666667 0 0 0.8 0 0 0.823529411764706 0 0 0 0 0 0 0.666666666666667 0.9375 0.714285714285714 0.944444444444444 0.857142857142857 0 1 0.947368421052632 0 0 0 0.714285714285714 0 0.823529411764706 0.823529411764706 0.857142857142857 0 0 0 0 0 0.75 0.733333333333333 0.8 0 0 5w0d 0 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0.947368421052632 0 0 0 0.789473684210526 0 0.789473684210526 0.736842105263158 0.769230769230769 0.8 0 0 0 0.933333333333333 0 0 0.842105263157895 0 0 0.923076923076923 0.947368421052632 0.666666666666667 0 0 0.866666666666667 0 0 0.764705882352941 0 0 0 0 0 0 0.789473684210526 0.875 0.789473684210526 0.944444444444444 0.714285714285714 0 0.947368421052632 1 0 0 0 0.736842105263158 0 0.764705882352941 0.823529411764706 0.894736842105263 0 0 0 0 0 0.6875 0.733333333333333 0.866666666666667 0 0 5w6g 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.5 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0.5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.142857142857143 0.666666666666667 0 0.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.416666666666667 0.666666666666667 5wko 0 0 0 0.823529411764706 0.705882352941177 0 0.153846153846154 0 0.857142857142857 0 0 0 0 0.882352941176471 0 0 0 0 0 0 0.866666666666667 0.666666666666667 0 0 0 0.125 0 0.764705882352941 0.857142857142857 0 0 0 0 0 0 0 0.538461538461538 0 0.571428571428571 0.5625 0.571428571428571 1 0.923076923076923 0.75 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0.941176470588235 0 0 0 0.764705882352941 0.647058823529412 0.857142857142857 0.25 0 0 0 0 0 0 5xhv 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.666666666666667 0 0.333333333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.333333333333333 0 0 5xku 0 0.833333333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 0.684210526315789 0 0 0 0.578947368421053 0 0.6 0.666666666666667 0.538461538461538 0.666666666666667 0 0 0 0.733333333333333 0 0 0.55 0 0 0.846153846153846 0.818181818181818 0.555555555555556 0 0 0.8 0 0 0.705882352941177 0 0 0 0 0 0 0.636363636363636 0.75 0.636363636363636 0.666666666666667 0.285714285714286 0 0.714285714285714 0.736842105263158 0 0 0 1 0 0.647058823529412 0.588235294117647 0.571428571428571 0 0 0 0 0 0.4375 0.8 0.666666666666667 0 0 5y2l 0 0 0 0.842105263157895 0.823529411764706 0 0.153846153846154 0 1 0 0 0 0 0.944444444444444 0 0 0 0 0 0 1 0.8 0 0 0.166666666666667 0.125 0 0.736842105263158 1 0 0 0 0 0 0 0 0.692307692307692 0 0.714285714285714 0.6875 0.714285714285714 1 1 0.875 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.941176470588235 0 0 1 0 0 0 0.7 0.764705882352941 1 0.333333333333333 0 0 0 0 0 0 6a0z 0 0.583333333333333 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.823529411764706 0 0 0 0.823529411764706 0 0.941176470588235 0.882352941176471 0.846153846153846 1 0 0 0 0.866666666666667 0 0 0.823529411764706 0 0 0.769230769230769 0.764705882352941 0.764705882352941 0 0 0.8 0 0 0.705882352941177 0 0 0 0 0 0 0.823529411764706 0.9375 0.823529411764706 0.823529411764706 0.857142857142857 0 0.823529411764706 0.764705882352941 0 0 0 0.647058823529412 0 1 0.882352941176471 0.823529411764706 0 0 0 0 0 0.625 0.733333333333333 0.733333333333333 0 0 6a67 0 0.416666666666667 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.882352941176471 0 0 0 0.882352941176471 0 0.941176470588235 0.823529411764706 0.923076923076923 0.933333333333333 0 0 0 0.866666666666667 0 0 0.882352941176471 0 0 0.769230769230769 0.764705882352941 0.705882352941177 0 0 0.8 0 0 0.647058823529412 0 0 0 0 0 0 0.764705882352941 0.875 0.823529411764706 0.882352941176471 1 0 0.823529411764706 0.823529411764706 0 0 0 0.588235294117647 0 0.882352941176471 1 0.882352941176471 0 0 0 0 0 0.75 0.666666666666667 0.8 0 0 6d0u 0 0.583333333333333 0 0 0 0.142857142857143 0 0 0 0 0.947368421052632 0 0 0 0.842105263157895 0 0.8 0.666666666666667 0.923076923076923 0.866666666666667 0 0 0 0.933333333333333 0 0 0.9 0 0 0.923076923076923 0.761904761904762 0.722222222222222 0 0 0.866666666666667 0 0 0.647058823529412 0 0 0 0 0 0 0.714285714285714 0.9375 0.80952380952381 1 0.857142857142857 0 0.857142857142857 0.894736842105263 0 0 0 0.571428571428571 0 0.823529411764706 0.882352941176471 1 0 0 0 0 0 0.8125 0.733333333333333 0.866666666666667 0 0 6e3h 0 0 0 0.789473684210526 0.941176470588235 0 0 0 0.857142857142857 0 0 0 0 0.777777777777778 0 0 0 0 0 0 0.933333333333333 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0.842105263157895 0.928571428571429 0 0 0 0 0 0 0 0.692307692307692 0 0.714285714285714 0.6875 0.571428571428571 0.714285714285714 0.846153846153846 0.8125 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.764705882352941 0 0 0.7 0 0 0 1 0.882352941176471 0.714285714285714 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 6fyt 0 0 0 0.882352941176471 0.823529411764706 0 0.0769230769230769 0 0.785714285714286 0 0 0 0 0.764705882352941 0 0 0 0 0 0 0.8 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0.764705882352941 0.857142857142857 0 0 0 0 0 0 0 0.769230769230769 0 0.857142857142857 0.8125 0.857142857142857 0.571428571428571 0.846153846153846 0.8125 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.647058823529412 0 0 0.764705882352941 0 0 0 0.882352941176471 1 0.714285714285714 0 0 0 0 0 0 0 6fyu 0 0 0 0.857142857142857 0.785714285714286 0 0.0769230769230769 0 0.642857142857143 0 0 0 0 0.857142857142857 0 0 0 0 0 0 0.785714285714286 0.5 0 0 0.0833333333333333 0 0 0.785714285714286 0.785714285714286 0 0 0 0 0 0 0 0.384615384615385 0 0.5 0.5 0.571428571428571 0.714285714285714 0.846153846153846 0.785714285714286 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.857142857142857 0 0 1 0 0 0 0.714285714285714 0.714285714285714 1 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 6fyw 0 0 0 0.166666666666667 0.166666666666667 0 0 0 0.166666666666667 0 0 0 0 0.333333333333333 0 0 0 0 0 0 0.25 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0.166666666666667 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.285714285714286 0.166666666666667 0.166666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.25 0 0 0.333333333333333 0 0 0 0.166666666666667 0 0.166666666666667 1 0 0 0 0 0 0 6hjp 0 0 0 0 0 0 0.2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.125 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 6ii4 0 0.25 0 0 0 0.428571428571429 0 0 0 0 0.75 0 0 0 0.6875 0 0.6875 0.5625 0.846153846153846 0.666666666666667 0 0 0 0.6 0 0 0.8125 0 0 0.538461538461538 0.625 0.5 0 0 0.6 0 0 0.5625 0 0 0 0 0 0 0.5625 0.625 0.6875 0.75 0.714285714285714 0 0.75 0.6875 0 0 0 0.4375 0 0.625 0.75 0.8125 0 0 0 0 0 1 0.466666666666667 0.666666666666667 0.0769230769230769 0 6ii8 0 0.583333333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 0.733333333333333 0 0 0 0.666666666666667 0 0.733333333333333 0.666666666666667 0.538461538461538 0.666666666666667 0 0 0 0.733333333333333 0 0 0.666666666666667 0 0 0.846153846153846 1 0.733333333333333 0 0 0.8 0 0 0.533333333333333 0 0 0 0 0 0 0.8 0.733333333333333 0.866666666666667 0.733333333333333 0.285714285714286 0 0.733333333333333 0.733333333333333 0 0 0 0.8 0 0.733333333333333 0.666666666666667 0.733333333333333 0 0 0 0 0 0.466666666666667 1 0.733333333333333 0 0 6ii9 0 0.416666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0.866666666666667 0 0 0 0.733333333333333 0 0.8 0.733333333333333 0.692307692307692 0.733333333333333 0 0 0 0.8 0 0 0.866666666666667 0 0 0.769230769230769 0.866666666666667 0.8 0 0 0.866666666666667 0 0 0.533333333333333 0 0 0 0 0 0 0.866666666666667 0.733333333333333 0.866666666666667 0.866666666666667 0.571428571428571 0 0.8 0.866666666666667 0 0 0.333333333333333 0.666666666666667 0 0.733333333333333 0.8 0.866666666666667 0 0 0 0 0 0.666666666666667 0.733333333333333 1 0 0 6iut 0 0 0 0 0 0.285714285714286 0 0 0 0.833333333333333 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0.75 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.846153846153846 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.416666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0769230769230769 0 0 1 0.615384615384615 6iuv 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.833333333333333 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0.625 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.142857142857143 0.8 0 0.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.666666666666667 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.615384615384615 1 `, groups: `1eo8 G3 1ken G6 1qfu G3 3fku G8 3gbm G8 3lzf G11 3sdy G9 3whe G3 3ztj G8 4f15 G2 4fp8 G1 4fqj G3 4fqk G3 4fqv G8 4gms G1 4gxu G2 4hf5 G1 4hfu G1 4hg4 G1 4hkx G1 4hlz G4 4kvn G4 4lvh G2 4m5z G1 4mhh G10 4nm8 G9 4o5i G1 4py8 G8 4r8w G8 4xnm G7 4yjz G1 4yk4 G1 5a3i G5 5dum G2 5dup G1 5dur G5 5gjt G4 5ibl G1 5jw4 G4 5k9k G4 5k9o G8 5k9q G8 5kan G8 5kaq G8 5ug0 G1 5ugy G1 5uk2 G1 5umn G1 5v2a G1 5vag G12 5w08 G1 5w0d G1 5w6g G2 5wko G4 5xhv G5 5xku G6 5y2l G8 6a0z G1 6a67 G1 6d0u G1 6e3h G8 6fyt G8 6fyu G8 6fyw G8 6hjp G13 6ii4 G1 6ii8 G7 6ii9 G7 6iut G2 6iuv G2 ` })33:[] 2e:{"title":"Protein Matrix","cells":[{"id":0,"value":"md`# Protein Matrix\n\nThe “similarities” in this matrix depict the epitope overlap between antibody-antigen complexes on the [GP120](https://en.wikipedia.org/wiki/Envelope_glycoprotein_GP120) protein. We use our [custom sorting algorithm](https://observablehq.com/@fil/sort-stuff-by-similarity) to make sure that the most similar complexes are displayed close together in the matrix.\n\nData: Anne Poupon, [BIOS, Inra](http://bios.tours.inra.fr/bios_group/) (France).\n\n(An interesting alternative might be found in Climer & Zhang, [Rearrangement Clustering](http://www.jmlr.org/papers/volume7/climer06a/climer06a.pdf), 2006, who solve a [TSP](https://en.wikipedia.org/wiki/Travelling_salesman_problem) with _k_ virtual nodes to create the clusters.)\n`","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1399,"value":"(chart, colorLegend({ color, title: \"Similarity\" }))","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":598,"value":"vis = makevis()","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1040,"value":"viewof alpha = slider({\n value: 0.3,\n description: \"alpha (takes into account secondary similarities)\"\n})","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1264,"value":"viewof sorted = checkbox({ options: [\"Sort nodes\"], value: [\"Sort nodes\"] })","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1486,"value":"viewof colorI = select({\n options: [\"plasma\", \"diverging\", \"reds\"] /*, description: \"color\" */\n})","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1498,"value":"viewof truedomain = checkbox({\n options: [\"true domain\"]\n})","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":476,"value":"md`This dataset has ${data.nodes.length} nodes & ${\n data.links.length\n} links. Download a much larger matrix at https://observablehq.com/d/24ddd4fefdafc734 and paste it below:`","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":749,"value":"md`## Matrix`","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":527,"value":"viewof matrix = {\n const textarea = html`

${test_ha.matrix}`;\n  textarea.style.display = \"block\";\n  textarea.style.boxSizing = \"border-box\";\n  textarea.style.width = \"calc(100% + 28px)\";\n  textarea.style.font = \"var(--monospace-font)\";\n  textarea.style.minHeight = \"60px\";\n  textarea.style.border = \"none\";\n  textarea.style.padding = \"4px 10px\";\n  textarea.style.margin = \"0 -14px\";\n  textarea.style.background = \"rgb(247,247,249)\";\n  textarea.style.tabSize = 2;\n  textarea.oninput = () =>\n    (textarea.style.height = `${Math.min(\n      800,\n      textarea.value.match(/^/gm).length * 21 + 8\n    )}px`);\n  textarea.oninput();\n  return textarea;\n}","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1203,"value":"md`---\n## Sorting`","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1218,"value":"function nodes_sorted() {\n  const nodes = order_by_distance(data.nodes);\n\n  // largest group must come first: reverse if it's not the case\n  const order = nodes.map(d => data.nodes.indexOf(d)),\n    n = nodes.length;\n\n  var sum = 0;\n  for (let i = 0; i < n; i++) {\n    for (let j = 0; j < n; j++) {\n      sum += (A[order[i]][order[j]] < 0.2 ? 1 : 0) * Math.sign(n - (i + j));\n    }\n  }\n  if (sum < 0) nodes.reverse();\n\n  return nodes;\n}","pinned":true,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1533,"value":"function makevis() {\n  return chart(sorted ? nodes_sorted() : nodes, value);\n}","pinned":true,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":953,"value":"function euclidian(a, b) {\n  return Math.sqrt(\n    a.map((_, i) => (a[i] - b[i]) ** 2).reduce((a, b) => a + b, 0)\n  );\n}","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1050,"value":"$30","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":530,"value":"refs = {\n  const split = matrix.match(/\\t/) ? /\\t/ : /\\s+/;\n  return matrix\n    .trim()\n    .replace(/,/g, \".\")\n    .split(\"\\n\")\n    .slice(1)\n    .filter(l => l.trim().length > 0) // remove empty lines\n    .map(l => l.split(split))\n    .filter(d => !!d);\n}","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":538,"value":"nodes = refs.map((d, i) => ({\n  id: String(d[0]),\n  index: \"_\" + i\n}))","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":540,"value":"links = {\n  const links = [];\n  for (let i = 0; i < nodes.length; i++) {\n    for (let j = i + 1; j < nodes.length; j++) {\n      const ni = (nodes[i] || {}).id,\n        nj = (nodes[j] || {}).id,\n        value = +(refs[i][j + 1] || refs[j][i + 1]);\n      if (ni && nj) {\n        links.push(\n          {\n            source: ni,\n            target: nj,\n            value\n          },\n          {\n            source: nj,\n            target: ni,\n            value\n          }\n        );\n      }\n    }\n  }\n  return links;\n}","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1427,"value":"value = {\n  const index = d3.group(links, d => d.source, d => d.target);\n  return ({ source, target }) => {\n    const li = index.get(source);\n    if (li) {\n      const lj = li.get(target);\n      if (lj) return lj[0].value;\n    }\n    return -1;\n  };\n}","pinned":true,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":546,"value":"data = ({ nodes, links })","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":10,"value":"A = {\n  const A = Array.from(data.nodes).map((_, i) =>\n      Array.from(data.nodes, (_, j) => (i === j ? 0 : 2))\n    ),\n    m = [...new Set(data.nodes.map(d => d.id)).values()];\n  data.links\n    .filter(l => l.value > 0.001)\n    .forEach(l => {\n      const i = m.indexOf(l.source),\n        j = m.indexOf(l.target),\n        v = Math.pow(\n          1.0 - l.value,\n          1\n        ) /* * (nodes[i].group == nodes[j].group ? 1 : 1) */;\n      if (i > -1 && j > -1) {\n        A[i][j] = v;\n        A[j][i] = v;\n      }\n    });\n  return A;\n}","pinned":true,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1017,"value":"B = {\n  const B = A.map(d => d.slice());\n\n  for (let i = 0; i < B.length; i++) {\n    for (let j = 0; j < B.length; j++) {\n      B[i][j] = A[i][j];\n      for (let k = 0; k < B.length; k++) {\n        B[i][j] +=\n          Math.max(Math.abs(A[i][k] - A[j][k]) - alpha, 0) / 3 / nodes.length;\n      }\n    }\n  }\n\n  return B;\n}","pinned":true,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1330,"value":"md`---\n## Chart`","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1324,"value":"md`Matrix Diagram adapted from [Brian Staats](https://observablehq.com/@bstaats/matrix-diagram).`","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1509,"value":"mutable debug = undefined","pinned":true,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":596,"value":"$31","pinned":true,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1301,"value":"css = {\n  const w = width - margin.left - margin.right,\n    n = data.nodes.length,\n    r = (0.75 * w) / n;\n  return `<style>\n  svg.matrixdiagram {\n    font: ${r}px sans-serif;\n  }\n  svg.matrixdiagram .label {\n    fill: #999;\n    font-size: ${r}px;\n    text-anchor: end;\n  }\n  svg.matrixdiagram .column.label {\n    text-anchor: start;\n  }\n  svg.matrixdiagram rect {\n    fill: #eee;\n    stroke: #d62333;\n    stroke-width: 0;\n  }\n  svg.matrixdiagram rect:hover {\n    stroke-width: 1px;\n  }\n</style>`;\n}","pinned":true,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1391,"value":"md`## Libs`","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1403,"value":"color = {\n  function domain(color) {\n    return color.domain(truedomain ? [0, 1] : [0, d3.max(links, d => d.value)]);\n  }\n\n  switch (colorI) {\n    case \"diverging\":\n      return domain(d3.scaleSequential(t => d3.interpolateRdYlBu(1 - t)));\n      break;\n    case \"plasma\":\n      return domain(d3.scaleSequential(t => d3.interpolatePlasma(1 - t)));\n      break;\n    case \"reds\":\n      return domain(d3.scaleSequential(d3.interpolateReds));\n      break;\n  }\n}","pinned":true,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1398,"value":"import {legend as colorLegend} from \"@d3/color-legend\"","pinned":true,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1303,"value":"margin = {\n  const r =\n    d3.max(data.nodes, d => d.id.length) *\n    (width / (20 + data.nodes.length) / 2.5);\n  return {\n    top: 10 + r,\n    left: 10 + r,\n    right: 10,\n    bottom: 10\n  };\n}","pinned":true,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":31,"value":"height = width * 0.9","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":564,"value":"import {checkbox, select, slider} from \"@jashkenas/inputs\"","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":33,"value":"d3 = require(\"d3@6\")","pinned":true,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":1388,"value":"md`## Test Data`","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"},{"id":738,"value":"$32","pinned":false,"hidden":false,"mode":"ojs"}],"files":"$W33","stdlib":"1","titling":"auto"}
</article></body></html>